地下水的表层水是泉水，为河溪提供水源，地下水的质量和数量也影响地表水。澳大利亚在地下水开发利用过程中，采取了行之有效的地下水资源管理措施。
关于地下水水质保护，澳大利亚《国家水质管理战略》指出其政策目标为：通过在维持经济和社会持续健康发展的同时保护和提高水质以达到对国家水资源的可持续利用。《澳大利亚水质指针》确定了管理目标，设立了监测目标并评价政策应用是不是达到了管理目标。《澳洲环境可持续发展国家策略》第三部分（部门间议题）第18节（水资源管理）也规定：各政府将努力确保冲击到水资源的开发决定是基于可接受的水质与水量标准，且尊重符合依永续基础所建立的管理要求。明确管理目标来保护和提升地下水水质以实现水资源的永续利用。
澳大利亚联邦政府水资源理事会是全国的水资源咨询机构，也是国家管理地表水和地下水的主要机构，负责组织和协调全国范围的水资源研究和规划。下设若干委员会，其中水与河流委员会对水质保护负有主要责任，该委员会可对土地利用行为，尤其是（保留的或非保留的）饮用水源涵养区（整个流域）的土地利用行为进行法律控制。水与河流委员会在保护水质方面的法律资格是有限的，保护水质必须依靠其他政府机构的配合。比如计划部（土地利用规划和发展控制）、保持与土地管理司（公有土地的管理）、西澳大利亚州农业部（调整农地利用）、环境保护司以及环境保护委员会的配合。
流域水资源作为典型的公共物品，对其治理和保护需要流域内相关利益主体的共同参与。澳大利亚在地下水资源管理中十分重视流域管理的作用，取得了较为显著的成效。以墨累达令流域管理为例：该流域位于澳大利亚东南部，流域面积106万平方公里，约占全国面积的1/7，地下水资源丰富。由于其复杂性和广泛性，再加之需要突破地域的限制从整个流域的角度去处理问题，多元治理主体很必要。澳大利亚通过几十年的探索和变革，形成了政府、社区、企业、非政府组织和公众的多元治理网络。如墨累达令部长理事会充分认识到社区参与流域管理对达到可持续利用资源的重要性，为协调社区和政府的行动，制定了19个管理区的计划，由以社区代表为主组成的管理委员会去协调管理每一个区域内的自然资源开发和保护工作，通过加强沟通、协调和教育培训，鼓励社区热情参加重大决策。另外，在流域的干、支流上，设立了58个水质监测站。水质监测和水文测验数据都传送至流域统一管理系统的数据库中，作为水质预测和进一步采取治理措施的依据。
含水层补给制度。地下水在干旱地区或干旱时期以及其他水源短缺的地区具有相对于平常条件更高的价值，澳大利亚政府在地下水开发和管理方面有着长期的经验积累。澳大利亚大自流盆地含水层早在1886年就开始开采，目前有关大自流盆地地下水管理政策大多分布在在：评价含水层的可持续开采量，并确定水资源的可持续使用限度；地表水与地下水资源的统一管理；地下水资源的环境价值等。政府通过“土地关爱”和“汇水流域管理”等计划，鼓励各州密切合作，共同参与水服务领域的活动；对地下水资源的使用效益进行科学评估；使水用户和政府决策与管理者了解地下水资源的不确定性及其风险，加强地下水资源含水层的补给。
水分配制度。像大多数国家一样，直到20世纪80年代，澳大利亚政府水资源管理当局才认识到澳大利亚有限的水资源需要更加严格的科学分配方案。于是，将灌溉许可证制度转变为份额制度。这是一种用于水消费用户与环境用水产权分配的创新方法，将水权在水源处而不是在水的输送处进行水权分配，水用户被分配到一定份额的储存量（按水文和汇水条件分成若干个储存量）。因此，营造了一个有效的水市场条件，使水的交易费用降到最低。但在地下水分配及地表水与地下水存在十分密切联系的地方，分配份额大小的确定涉及很复杂的科学知识，因此，实施这种制度，受到许多条件的限制，目前仅在新南威尔士和昆士兰南部采取这种制度。在水资源分配管理中应最大限度地考虑各区域、单位、个人的意见和专家咨询意见，注重信息系统的技术开发，采用流域综合管理。
水权制度。建立水市场和可交易的水使用权，可以大幅度促进水资源的合理分配与利用。发挥水市场的及其重要的作用，积极促进水资源的高效利用，是目前国际上水资源管理的重要发展的新趋势，澳大利亚利用水市场开展水权转让和水资源的交易，取得了良好的效果。
按流量分配灌溉水资源使得土地所有者之间的水交易可以方便地进行。最初是将它作为缓解干旱的措施，在干旱的季节进行交易。后来交易越来越频繁，交易量也持续不断的增加。1997年11月，在澳大利亚东南部默里谷地的马里地区开展了跨州的季节性水交易试点，澳大利亚政府委员会认为，建立跨州的“自由交易带”或“共同市场”有利于社会和生态可持续发展。目前跨州水交易量还很少，其主要障碍是各州的产权缺少一致性，各州的水定价政策、补贴、立法和管理、土地所有权、交通和基础设施条件、地下水和盐碱化条件等因素并不相同。为此，澳大利亚水改革工作组就水产权划分确定了以下方面的原则：所有权的权力和条件、被分配的资源份额、转让的约束条件、资源使用和获取的约束条件。西澳大利亚《水权与灌溉法》要求任何水权只有在取得许可之后方可取得，包括地表水管理区内的地表水；任何自流井中的地下水；地下水管理区内任何非自流井中的地下水。此外，按时进行检查与地下水取水量相关的测量数据，对地下水抽取量做准确计量，对地下水资源实行有效控制，以确保资源的可持续性。同时，向地下水用户及利益相关者告知有关地下水水权交易的程序、能获得的效益及可能带来的影响，在确权的基础上促进地下水资源市场的交易。
水资源税费制度。目前世界各地水资源管理面临的共同问题是灌溉用水的价格长期以来普遍过低。在澳大利亚水资源归州政府所有，水的抽取是通过发放许可证进行的。在考虑合适的取水费核算方法时，独立竞争与管制委员会认为：取水费成本的认定和计量要建立在可靠的、可获得的数据基础上并且使用的计量办法能够重复使用，取水费标准随着水资源价值和成本等因素的变化适当调整。取水费成本主要由中央政府直接用于流域管理的成本、环境成本和水资源稀缺价值构成。目前，墨尔本供水公司制定的水价，可同时承担供水、污水处理、水源地保护、工程建设维护等多项城市水务职能，既取得了经济效益，又促进了节水。维多利亚州规定了水的使用费分为两部分：一是固定费用，无论使用与否，都必须缴纳的费用；二是超额费用，在固定费用的基础上，按超额使用量定量收费。在新南威尔士，州政府正通过对灌溉区的联合经营，以实现经营、维护灌溉储存和调控河流工程、维护和管理河流系统等的全部费用的回收。州政府确定了以下水费定价原则：水费的制定应以最有效的方式提供水服务为准则；水资源的管理应实现财务收支平衡，并使水服务保证可持续水平；定价政策应鼓励以最佳的方式来进行水资源的储存、管理和输送及利用，以生态可持续的方式来进行。
