银杏种子的形态成熟期即为采种期。但银杏种子形态成熟后，胚发育仍不完全，须经一段后熟作用后种子才有发芽能力。银杏种子成熟的外部形态特征是外种皮由绿变淡黄色或橙黄色，由硬变软，外种皮被白粉。中种皮骨质坚硬，充分成熟的外种皮手感松软，极易脱皮。银杏种子成熟期与产地、品种、栽培措施等有关，在我国从 8-10月，由南到北逐渐进入采种期。但大部分种实于9月份成熟。我省一般是9月上旬至10月上旬采收种实。与其它许多秋季成熟的果树一样，采收前一个月内，种实内干物质积累最快，切忌过早采收，留作育苗用的种子，更应推迟采收。
银杏种子的采收除注意采收时间外，采收方法也很重要。银杏种子的采收方法很多，但无论哪种方法都应强调有利于保护母树、有利于来年丰产、有利于叶片不受损失。现将目前常用的几种采收方法介绍如下：
待种子成熟之后，可用带钩竹竿伸入树冠之内，钩住枝条基部轻轻抖动，使成熟的银杏种子落下。或用3-5m高的木梯，人站梯上，先用竹竿钩落树冠外部的种子，再钩落树冠内部的种子。如抖动枝条尚难以使种子下落，则需用竿顶轻触种柄将种子顶落。此法之优点为既不损伤枝叶又可干干净净的采收。切忌猛打乱抽结果短枝。
充分成熟的银杏种子，果柄离层同时产生，只要人爬树上用手抓住枝条轻轻摇晃，种子即可下落。不能下落的种子，说明尚未充分成熟。可隔3-5天后再摇晃一次，即可采净。切忌用石块或重物撞击树干或大枝，造成树体皮部受伤。也有用高压水枪击落种子的，但极易在击落种子的同时也击落大量的小枝或叶片，因此该法仅可用于人力难以达到的高树顶端所结种子。
目前所用的化学采收方法主要是将“乙烯利”向树冠喷布促进种子脱落。试验证明，用500×10-6乙烯利喷洒后，在喷药后的第1-12天和第15-16天出现两次种子脱落高峰。用1000×10-6乙烯利喷洒后则出现三次脱落高峰。脱落效果基本良好，脱落率可达91%。但最大的缺点是有约40%的叶片同时变黄并出现轻度落叶。因而此法应谨慎应用。
银杏种子采收之后，应尽快脱去浆汁外种皮。脱皮愈快，银杏种核的色泽愈好。当前最常用的脱皮方法是将种子堆种腐熟。堆积地点尽量选在背阴之处。堆积时可平堆也可高堆。平堆高度多为30cm，高堆多为60cm，堆上均用湿草覆盖，不能用塑料薄膜。经5-7天即可开堆进行脱皮处理。经验证明，平堆散热快，脱出的种核洁白漂亮，但腐熟时间较高堆略长。堆积腐熟时切忌暴晒或薄膜覆盖，以防种核变色种仁变质。
银杏种子脱皮处理时，应注意对手脚皮肤的保护。因为在银杏外种皮中含有白果酸、氢化白果酸、银杏酸等刺激性物质，容易损伤皮肤。如为少量种子可戴上乳胶手套搓洗，较大量的种子则需穿上胶鞋反复踩搓，或放入竹筐中用木杵捣烂，再装入竹篮或筛子中在水中漂洗，直至全部外皮漂除干净为止。脱皮处理后的污水可倒入污水坑中或用于堆肥，严禁倒入河湖之中污染水源，更不应在饮用河水中漂洗银杏种皮。
脱去外种皮之后的银杏种核，先行去杂，即将混入其中的碎枝、烂叶、石块等拣出。如发现种核不够洁白，应进行第二次搓洗，或混入细砂反复磨擦直至核皮光亮洁白为止。也有用漂白粉或硫磺熏蒸以提高核皮洁白度的，但从卫生角度要求不宜采用。播种用的银杏种核尤为不宜。
脱皮处理后的银杏种核一名商品银杏，为保证安全贮运应适度干燥，干燥的方法多用晒干或阴干，但以阴干的效果最好。待银杏种核的核皮呈银白色，含水量达40%左右时即可收起放入袋中干藏。干燥时应严格禁止采用烘箱或烘室干燥。
银杏种核的商品价值，除有些购销渠道要求品种之外，绝大多数尚不讲求品种。目前银杏种核的商品价值指标主要是种核大小，其次是整齐度、洁白度、饱满度、破碎度等。从食用要求出发，种核越大价格越高。各地收购部门所要求的规格标准虽不完全全相同，但一级品的标准大体为不高于320-340粒/kg。每增加 80粒降低一个等级，等外级为每500粒/kg以上（如表）。
但如从育苗方面出发，种核过大不仅提高育苗成本且发芽率和苗木的抗性也不一定就十分良好。因此育苗用的银杏种核，一般要求每在500-600粒/kg左右。更应重视的是种核的整齐度和饱满度，因为种核的大小如相差很大，苗木有可能出现强烈分化的现象，饱满度不好则在贮运中容易大量霉烂，用于播种则缺苗断垄。由于银杏为雌雄异株，常因雄株不足或人工授粉喷粉不匀等情况，导致出现无胚种核的大量发生。又由于无胚种核与有胚种核在外表形态上很难辨识，因此在采购银杏种核时，特别是用于播种育苗的银杏种核，应先将种核投入水中，凡上浮者多为无胚种核，由此能够查定无胚种核所占的比率。
经脱皮处理并充分晾干的银杏种核，可先装入布袋之中，在常温条件下置室内继续阴干，俗称“发汗”，时间约为一周。然后装入塑料袋中，每袋可10kg，最多不允许超出20kg，扎紧袋口放置室内，每月需将种子全部倒出进行短时间的摊晾，俗称换气，然后再装入袋中。也可将塑料袋上打几个小孔，以便于种子有微弱的气体交换而不致形成无氧呼吸。在贮藏过程中，如发现核壳表面出现霉点，应及时将种核倒出用净水重新冲洗、晾干后再放入袋中。此法贮藏的银杏种核，翌年 5月依然十分新鲜。
将银杏种核袋装后置入冰箱或冰柜之中。温度保持1-4℃，保鲜时间可长达1年以上。但此法仅适用于少量种核。
将充分晾干的银杏种核装入麻袋之中，每袋可25-50kg，单层摆放于木架空格之上。温度保持4℃左右，冷库湿度小于80%，保鲜时间可达1年以上。贮藏期间应每月抽样检查，察觉缺陷要立即处理。需提起注意的是，凡冰箱或冷库贮藏的种子只供食用。严禁用于播种育苗。
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