第十条国务院海洋行政主任部门会同国务院有关部门和沿海省、自治区、直辖市人民政府，编制全国海洋功能区划。
沿海县级以上地方人民政府海洋行政主任部门会同本级人民政府有关部门，依据上一级海洋功能区划，编制地方海洋功能区划。
【释义】本条是关于全国和沿海地方海洋功能区划编制的组织主体及两者相互关系的规定。
一、编制、实施海洋功能区划目的是揭示各个具体海域的客观自然属性及社会功能价值，适合的开发利用方向，为科学、合理地开发与保护海域及其资源与环境，创造可靠的依据。海洋功能区划的基本含义，概括而言即是：根据海域（在海岸带区域有时还应包括必要的陆域）的地理区位、地理条件、自然资源与环境等自然属性，并适当兼顾海洋开发利用现状和区域经济、社会持续健康发展需要，而划定、划分的具有特定主导（或优势）功能，有利于海域资源与环境的合理开发利用，并能充分的发挥海域最佳效能的工作。
不论简单海域，还是复杂海域，就其自然面貌，它们与陆地相比都大为不同。一层厚度不一的海水，使得水体之中、之下的海底的资源与环境条件完全隐蔽起来。除了一望无际、起伏不平的海面外，其他我们很难再看到别的什么。在任何一个海域之中、之下，其环境特性、资源状况和社会功能价值，我们没办法直观了解并进行判断。具体到海域使用管理，也将无法开展管理活动。通过反复调研，最终选择了海洋功能区划作为管理海域使用的科学基础和依据。海洋功能区划的性质使之能够为海洋开发与保护正确选定海域，提供客观的标准和依据。
二、20世纪90年代初期，海洋功能区划被纳入海洋行政管理的基本职责后，国务院便将此工作交国家海洋行政主管部门承担。1998年国务院机构改革再次肯定了这项分工。在1999年全国人大常委会修改《海洋环境保护法》时，将海洋功能区划作为开发利用、保护海洋的重要基础工作，确定了其法律地位。
全国海洋功能区划，无论其涵盖的地理区域属于何种范围，其编制工作一定要遵守两个“会同”的原则：一是“国务院海洋行政主任部门会同国务院有关部门”；二是国务院海洋行政主任部门会同“沿海省自治区、直辖市人民政府”。之所以强调编制的会同制度，主要是基于以下三个方面的原因：其一，在海洋功能区划的编制中，最为关键的一步工作是充分搜集、整理以往的海域资源、环境调查、监测、科研和开发利用现状资料与成果，以及海域其他区划、规划和毗邻陆域的区域经济与社会持续健康发展方向、生产布局等资料。只有背景资料全面、翔实，才有可能通过分析研究建立起科学的海洋功能区类型和指标体系，进而合理地划分出海洋功能区。我国虽然建设有国家海洋信息中心，汇集了全国各类的海洋信息。但鉴于各种客观的原因，仍然有大量的海洋资源、环境资料分散在各有关海洋部门、单位和沿海各级地方机构里，尤其是海洋行业的专题区划、规划和沿海地方的实际海洋开发利用的信息，更是难以集中。只有采取共同组织和合作，这一困难才能得以解决。其二，编制海洋功能区划的目的是为了宏观指导海域的开发活动。海域内的空间及其资源的开发利用，基本上都是由涉海有关行业、部门和地区组织实施的，比如海洋矿产的开发，由国土资源部负责管理；港口资源开发由交通部门负责：海洋渔业资源开发由各级农业部门负责等。设想，如果没有他们的参加，不仅无法编制出切合实际的海洋功能区划，而且也无法保证海洋功能区划的有效实施。其三，海域的功能单元及其社会价值，虽然是有其客观的决定性，是严格依据其自然属性第一为原则划定的，有其科学的、优先选择的唯一性，但是人的认识并不是万能的，不论基础条件多么好，总是还存在没有掌握到的信息。特别是对于海洋这一复杂的自然地理体，与陆地相比，我们还有许多未知的问题。在此种情况下，要实现正确选择“最适合、最有效率、最具优势的开发利用方向和内容的主导功能”，仅靠已拥有的局部方面的知识和实践是不够的。可行的做法应为：由海洋开发、利用、保护和管理的各有关部门的专家共同工作，深入地，从不同方面讨论、协商，充分统一认识后得出的海域功能定位，才能弥补认识的某些局限性，才能统一大家的思想，才能协调大家的行动。正是基于以上原因，所以在第10条第1款作了上述规定。
三、本条第2款规定包含了三个方面的内容：第一，编制沿海地方海洋功能区划的级别。只有县级以上的沿海地方人民政府才有编制的职责。亦即沿海省、地级市和县三个层次。县以下的乡镇不必编制海洋功能区划。作此规定的根据是：县级海洋功能区划已能满足乡镇用海管理的需要，无需单独再行编制；乡镇毗邻海域的范围，一般都比较狭小，难以展开区划工作，存在客观的局限性。第二，编制沿海地方海洋功能区划的依据。沿海地方三级政府在编制本级海洋功能区划时，必须与上一级人民政府编制的海洋功能区划保持一致，不能在方向上发生违背，只能因地制宜的予以细化。第三，编制沿海地方海洋功能区划的程序和组织办法，亦如同全国海洋功能区划编制，不再赘述。
第十一条海洋功能区划按照下列原则编制：
（一）按照海域的区位、自然资源和自然环境等自然属性，科学确定海域功能；
（二）根据经济和社会发展的需要，统筹安排各有关行业用海；
（三）保护和改善生态环境，保障海域可持续利用，促进海洋经济的发展；
（四）保障海上交通安全；
（五）保障国防安全，保证军事用海需要。
【释义】本条是关于海洋功能区划编制原则的规定。
一、自然的或社会的一切事物的存在和发展，都是有其客观规律的，原则是事物存在和发展规律的一种抽象概括。原则一旦被科学地抽象出来，它就能反过来指导、约束、规范人的社会行为，保证人的活动适合于自然界和社会的运动规律，从而达到人们的目的。本条规定了海洋功能区划编制应遵循的基本原则，以保证海洋功能区划的客观性、社会性和可实施性。
二、自然属性原则。海域特定区域自然属性的特殊性和不同区域自然属性的差异性是划定各种功能区的先决条件。也可以说自然属性才是海洋功能区划分的主要标准。海洋自然属性的内涵是丰富的，主要包括区位、自然资源和自然环境三个方面。
1、区位，即地理区位或某一海域在空间的地理位置。海洋作为一个地理综合体，既有经向和纬向的区域分带，也有垂直的分带。以我国东部海域为例，其纬向海域可分为热带、亚热带、温带海域；其经向海域，可分为海岸带、中近海和中远海等；其垂直分带，则可分为极浅海、浅海、深海、海沟和大洋（存在台湾岛以东的西北太平洋）等。不论那种方向的分带现象，都会导致不同海域的自然环境与资源的相关规律。凡处于同一个地域（或海域）单元的，其环境和资源（特别是生物资源）往往表现出某种程度上的一致性或相似性，而分处在不同的海域者，则表现出某种程度的差异和区别，这便形成不同区位的海域。不同的区位，决定了它所处位置的重要程度，社会经济发展的程度，所以，它是划分海洋功能区必须考虑的重要因素。
2、自然资源，海洋功能区的核心在于它有什么用途（功能），这种用途是由它包含的资源的类型和丰度所决定的。所以，海洋功能区划中自然资源是非常重要的因素。海洋功能区划时，必须全面分析、认识该海域的一切资源，既包括生命资源的渔业资源、生物资源等，也包括非生命资源的矿产资源、港口资源、动力资源、化学资源、旅游资源等。海洋功能区单元，绝大部分是由这些资源对象划定的，比如港口区、航运区、油气区、固体矿产区、盐田区、海洋能区、地下卤水区、旅游区、海水养殖区、海洋捕捞区等。在自然资源运用到海洋功能区划中时，一定要掌握各类资源类别、分布、储（蕴）藏量、时空变化、可利用条件等，如果仅了解资源类别，其他条件不清楚时，开发利用的功能也无法选择。
3、自然环境，海洋自然环境是由海洋水文气象、海水化学、海洋生物、海洋地质地貌、海洋灾害和海洋污染等条件所组成。海洋环境与陆地环境相比，两者有显著的差别。海洋环境具有组成要素复杂性，自然变化过程相对更为迅速、局部区域有时会十分激烈等特点。由此也造成了人们对海洋环境状况及其变化的了解和认识，其难度大大增加。海洋自然环境状况直接影响海洋资源的开发利用程度和方向，所以，在海洋功能区划时，必须充分重视海洋自然环境要素。
二、社会属性原则。按国标《海洋功能区划技术导则》对海洋功能区的规定，社会属性在划定海洋功能区时，要“考虑到海洋开发利用现状和经济社会发展的需要”。它不是可有可无的条件，而是必要条件，只有按照经济和社会发展的需要来选择何种功能（或功能顺序）,才能使划分的功能区更具有可操作性和实践性。“根据经济和社会发展的需要，统筹安排各有关行业用海”原则，除其作为普遍性原则外，在运用到海洋功能区划上，主要针对下面3种情况：一是当一个具体海域单元的主导功能（即处于最具价值优势的功能）出现2个或2个以上时，仅就自然属性难以决断其取舍的排序，那么，就需要根据经济与社会需要的紧迫程度和国家优先政策来加以确定。例如我国在编制小比例尺海洋功能区划时，各地都遇到，近海的一些海域，既有港口与航运功能，也有增养殖功能，而且两者对该海域都有优势。当时国家经济发展确立了交通、能源先行的政策，据此就把该海域划定为港口航运区；二是相邻海域功能单元，如果有一海域已投入开发利用并已形成产业规模，而且有一定的开发历史，那么，尚待确定的功能区海域就要考虑其协调性问题，在若干功能方向中，合理选定能够与已有产业匹配的优势功能；三是依据沿海地区的经济区划及社会发展目标和海区（比如渤海区、北黄海区、南黄海区、长江三角洲海区等）的开发利用的生产布局和局部海域生产结构的合理性需要，必将对海域新的开发利用内容有某些范围的要求，海域优势功能的选择范围就会有所缩小，以使海洋经济的发展适应海区生产布局方向和沿海地方经济与社会发展的全国定向。如此等等，说明海洋功能区划的社会属性原则，也是很重要的。
三、生态环境保护和可持续利用原则。该项原则实际包含两个侧面，即生态环境保护和可持续利用，促进海洋经济发展只是其达到的目标之一。
1、海洋生态环境保护。所谓生态环境系指：任何区域的生物，其全部生态因素和其分布区的生存环境条件的统一总体。地球上的陆地和海洋区域的动、植物的生存、演化都紧密地依赖于周围的环境，两者相互联系、相互作用，组成密不可分的统一体。环境由许多要素构成，直接作用于动、植物生命过程的那些环境因素称之生态因素，如空气、热、水、土壤、生物条件和人类影响等，它们都是生态环境的基本内容。在早期，原始的自然生态环境是长期自然演化的结果，生态环境内部各要素间基本是平衡的。后来随着人类大规模开发利用，生态系统内部、生态环境诸要素之间彼此的平衡被打破了，从而使生态环境失衡，进而危害动物、植物为主体的生物界和人类的生存和发展，直至今天生态环境已成为人类持续发展的基本障碍。所以在近30多年来，联合国及其有关国际组织一直坚持不懈地警告全球生境的危机及提倡大力加强生态环境保护的重要性与紧迫性。如1972年5月《人类环境宣言》原则之六：“为了保护不使生态环境遭到严重的或不可挽回的损害，必须制止在排除有毒物质或其他物质所及散热量或集中程度超过环境能使之无害的能力。应该支持各国人民反对污染的正义斗争”；1992年6月《里约环境与发展宣言》原则七又强调：“世界各国都要”“本着全球伙伴精神，为保存、保护和恢复地球生态系统的健康和完整进行合作。鉴于导致全球环境退化的各种不同因素，各国负有共同的但是又有差别的责任。”海洋功能区划是为合理开发利用海洋和保护海洋生态环境一项基础性和科学性的工作。
2、海洋可持续发展原则。可持续发展的概念是20世纪80年代后期提出，90年代被联合国正式确立的人类继续发展的思想，现在已被国际社会普遍接受并付诸实施。其基本含义是“既能保证使之满足当前的需要，而又不危及下一代满足其需要的能力”。可持续发展既是人类今天和未来发展的要求和目标，也是发展应实行的原则和方法。可持续发展原则，目前已成为国际社会的共同遵守准则，编制海洋功能区划无疑也不能例外。
四、保障海上交通安全原则。在经济全球化的背景下，海洋交通运输，承担着各大州之间的贸易货物运量的88%以上。在此种形势下，畅通和安全的海上交通运输是发展海洋经济的重要条件。所以，编制海洋功能区划时，就应该充分注意港口和锚地建设的需要及安全航运的需要。
五、保障国防安全用海原则。沿海国家毗邻海域，其领海外界之内海域，按照《联合国海洋法公约》规定：“1、沿海国的主权及于其陆地领土及其内水以外邻接的一带海域（该《公约》第三条又规定‘每一国家有权确定其领海的宽度，直至从按照本公约确定的基线海里的界限为止）……称为领海。2、此项主权及于领海的上空及其海床和底土”。《中华人民共和国领海及毗连区法》规定，我国领海宽度确定为12海里，我国对领海的主权及于领海上空、领海的海床、底土。由国际法和国内法给领海的法律地位可见，领海外界向陆一侧的海域是沿海国家的国土的组成部分。领海之外的国家管辖海域其自然资源的主权利用亦属于沿海国家。只要有国家主权权益的地方，就存在政治、军事安全的保障设施和力量的条件，确保国家的主权不受侵犯，利益不受损害。尤其是当国家在此区域存在诸多不定因素和国家政治、经济和国际关系总体战略，必须通过该海洋区域实现时，这一海洋区域的战略价值就会异乎寻常地凸显出来。这些因素必然反映在海域的使用安排上和海洋功能区划上。对于海洋功能区划编制有关国家安全和其军事利用区的划定，就不能不在统筹兼顾之中，予以优先的考虑。虽然在本法的海洋功能区划适用原则中是最后一款规定，但其事物本质的规定性，又客观决定了该原则的优先性。
第十二条海洋功能区划实行分级审批。
全国海洋功能区划，报国务院批准。沿海省、自治区、直辖市海洋功能区划，经该省、自治区、直辖市人民政府审核同意后，报国务院批准。
沿海市、县海洋功能区划，经该市、县人民政府审核同意后，报所在的省、自治区、直辖市人民政府批准，报国务院海洋行政主管部门备案。
【释义】本条是对海洋功能区划分级审批的规定。
一、海洋功能区划的政府审批规定是一个重要的规范内容。我国对各类区划，如农业区划、渔业区划、行政区划、经济区划、自然保护区划、地理区划等，在其审批问题上，除少数经各级政府审批外，大都没有履行批准手续。所以，区划的贯彻执行情况普遍较差，很难达到预期目的。海洋功能区划之所以需要政府审批的理由有两点：第一，海洋功能区划是立足于海域自然属性决定的客观功能的基础上，而不是立足于社会需要的基础上。海域客观自然体本身所具有的功能，一般具有较长时期的稳定性，只要没有海域自然条件的新发现，其功能是不可能改变的。若是按照社会发展需求划定的功能，情形则完全不同。因为社会需要是随经济与社会发展而不断变化，致使对海洋的要求不可能具有稳定性。所以，海洋功能区划的功能单元具有相对的稳定性；第二，海洋功能区划的实施，不像其他区划涉及部门较少，仅以编制部门为主就可以实施了。海洋功能区划不仅涉及行业部门多，如国家环境部门、渔业部门、石油和天然气部门、交通部门、旅游部门、矿产部门、军事部门、科研及教育部门、水利部门、林业部门等，约有20多个，还包括他们的沿海地方的系统。而且与其他区划不同，海洋功能区划的编制与管理部门-国家海洋局，却不是用海洋单位，本身没有海洋开发利用产业。这种状况，一方面有利于海洋功能区划的公正编制，贯彻了用海者和管海者分开的管理体制要求，另一方面也给海洋功能区划的实施带来某些困难。基于以上两个原因，为了保证海洋功能区划的执行，为使海洋功能区划在适用范围内发挥普遍作用，规定其政府审批程序，确立其政府批准制度，使海洋功能区划在实施中具有一定拘束力是非常重要的。
二、全国海洋功能区划和沿海省、自治区、直辖市海洋功能区划报国务院批准，沿海市、县海洋功能区划，经本级政府审核同意后，逐级上报所在省、自治区、直辖市人民政府批准，报国务院海洋行政主管部门备案。批准程序需要作些说明的有二点：
1、沿海省、自治区、直辖市及其之下的海洋功能区划，应为三个级别或层次：一是省级政府海洋功能区划。其区划的地理范围是毗邻的领海（即从领海基线海里）和内水（即从海岸线至领海基线之间的海域）。二是沿海地级市海洋功能区划，其区划的地理范围是该市毗邻的内水和领海区域，或者按每次海洋功能区划的全国和省、自治区、直辖市政府的区划方案或技术规程执行。三是县及县级市的海洋功能区划，其地理范围，如果毗邻海域的海岸线较长、海域比较宽阔或者属于海岛县，原则上可按地级市亦含盖内水和领海，如果属大陆沿海县，其岸线较短、海域面积较小，没有足够的海域展开区划工作，亦可由上一级政府统一组织，不必再由县级政府单独去做。直辖市的区划范围：我国沿海共有两个直辖市，即天津和上海，由于其邻接海岸线和海域都比较小，根据因地制宜和实事求是原则，在以往的小比例尺和大比例尺海洋功能区划中，是采取统一组织编制，不再分级的办法。从实践结果看还是可行的，有效的。
2、设定市、县海洋功能区划均由省级政府审批，报国务院海洋行政主管部门备案，以及省级海洋功能区划由国务院审批的制度，并非仅是其重要性的一种表现，也是进一步协调不同区域和不同级别海洋功能区划之间的衔接和海区开发利用的布局是否合理的客观需要。全球海洋因其海底地貌的统一性和海水的连通性，从而造成海洋是一个完整、统一的自然综合体，虽然人类能够据其地理位置和某些自然特征，划出一些区域界限，但并非是绝对的，也不是不可改变的。对于各边缘海区也同样如此。海洋的运转性质也必然反映在功能区的范围界限上。沿海毗邻的县、市、省之间按行政管理划出的分界限，和由海区自然属性划出功能界限，一般不可能是完全一致的，多数情况下可能是不一致的，甚至是背离的，比如相邻的县、一侧的海域划定为港口功能区，而另一侧的县却划为养殖区，他们双方都可能有比较充分的理由支持这种划法。不过，在整体上考虑，却是不科学的。因为养殖区除地貌、沉积条件外，还需要很好的水质条件，按《海水水质标准》规定，养殖区应为一类海水，以保证养殖对象的食用需要。可是另一侧却规定为港口开发区，一旦港口建成运营后，就会不可避免地发生油污染或其他污物的污染，使周围的区域受到危害，邻接的养殖区就要受威胁。这种相互矛盾可通过编制海洋功能区划过程中通气协调加以解决。另外，局部海区还有开发生产布局的问题，需要在审批中予以关注。一个县、一个市、一个省，相对于全国而言都是局部，他们所编的区划都是全国的一部分。在海洋开发生产力布局上既有局部的主导方向，也有不同范围的整体主导方向，但必须遵从一条原则，即彼此相协调的原则。在海洋功能区划的审批中，规定提高审批级别也有利于这一目的实现。
三、海洋功能区划呈报的审批材料应包括：
1、呈报审批的政府报告。该报告要说明本地区的海洋功能区划组织编制情况：按照《海洋功能区划技术导则》的执行结果和需上级解决的遗留问题等。
2、海洋功能区划报告。它是主体材料，其内容是：区划海域自然资源、经济与社会发展概况；功能区划的原则、方法、依据和功能区的指标体系；划分功能区的指标体系，主导功能与功能顺序如何确定；海洋功能区划的实施和管理等。
3、海洋功能区划图。功能区划图是区划要素直观科学表述，是报件的基本组成材料。海洋功能区划图报件，要对《技术导则》中编图技术规定中不包含的内容，做出必要的说明。
4、海洋功能区登记表。登记表是对区划中的全部功能区的面积、类别、划区依据和功能指标等具体内容的登记。它是审批中了解功能单元具体情况的不可缺少的材料。
5、专家评审结论。根据《海洋功能区划技术导则》，海洋功能区划图和海洋功能区划报告编制完成后，要召开专家会议进行评审，会后按照评审意见进行修改后，将评审结论随同送审材料一起上送。
第十三条海洋功能区划的修改，由原编制机关会同同级有关部门提出修改方案，报原批准机关批准；未经批准，不得改变海洋功能区划确定的海域功能。
经国务院批准，因公共利益、国防安全或者进行大型能源、交通等基础设施建设，需要改变海洋功能区划的，根据国务院的批准文件修改海洋功能区划。
【释义】本条是对海洋功能区划修改程序的规定。
海洋功能区划编制要随着情况的变化，而作阶段的修订，以适应变化了的情况，更符合海洋开发、利用和管理的需要，所以海洋功能区划的管理必须采取动态原则。本条具体规定了海洋功能区划修改的各项制度。
一、海洋功能区划进行阶段性修改的必要性。
1、海洋在全球各自然地理单元中，是相对最为活跃的。人对自然的认识，只能是在一定条件下的阶段性的认识。人类对自然事物的认识是永远不可穷尽的，特别是对永不停息的海洋更是这样。在地表海洋是最为活跃的自然领域，海洋以其巨大的力量对海岸和海底的地貌进行着侵蚀、搬运和沉积建造，陆地注入海洋的江河、污水也改变着海水水质，引起海洋生命系统结构、数量和地理分布的变化，这些因素造成了以下结果：近海的海洋自然环境和资源是变动的，这种动态定会引起各个海域和岸段的功能的改变，其中有的区域会发生功能排列顺序的重新排列，主要功能会下降为次要功能，反之亦然；有的是区域原不拥有的功能，可能会新生出来，这类同一区域内功能的演变是海洋自然条件变迁的产物。比如某个宜于建港的岸段，由于附近沉积物随河流搬运，会将此段水域淤塞变浅了，而无法作港口使用，那么这段海岸原有建港功能就消失了，被其他新的功能所代替，像目前海南省文昌县清澜港岸段，现划为港口区，该湾内水面平静，虽深度不大，但建设中小型港还是比较好的。但由于近十几年来，湾之外侧的邦塘一带的浅海珊瑚礁被大量破坏，使海岸失去保护的屏障，受到强烈冲刷侵蚀，使海岸后退了200多米，侵蚀的沉积物被携带至清澜港口门沉积下来，使航道变浅变窄，通航条件变差，如果这种情况得不到制止，将来就可能造成航道淤塞，海湾变成泻湖，此处的港口区的功能也就不复存在，会被新的功能所否定。这就是海洋功能区划动态性的基础原因。
2、目前的海洋功能区划，囿于我国整体海域的调查研究的水平，还不能进行更大比例尺海洋功能区划的编制，仅仅完成沿岸地区1∶5-10万比例尺，外海1∶100万至1∶250万比例尺图件的编制。这样小比例尺的区划，对海洋管理部门的工作和海洋开发利用的实际活动，仍难以完全满足需要，特别是海岸带、河口、海湾及浅水区。这些地区不论现在，还是将来都是海洋事业发展的重点地区，随着经济和社会的建设进程，以上区域的开发利用内容，密度和深度会大幅度增加，如功能区块较大，一般能够在图上表示出来，而功能区块面积较小，在区划图上就不易显示，最多也只能通过符号加以表达，无法圈出准确的地理边界，这就给使用带来困难，更何况有的功能区根本就划不到图上去。此种情况说明目前的海洋功能区划，还难以达到满足海洋开发纵深发展的需要。只能满足宏观控制与指导，但有了这项成果本身就是一重大的前进。问题是还要继续做好深化与完善充实工作。今后，要在此次区划的基础上，继续做好分区、分段的大比例尺的功能区划工作，以适应海洋开发的客观需要，从而使海洋功能区划的价值和意义得到充分的发挥。基于以上原因，决定了海洋功能区划工作是一项动态性的工作，它随着认识和实践的需要而不断深化发展。由此也决定了功能区划的管理应是动态管理，要密切注意各区划单元的新认识，新调查研究成果，以及新的社会条件变化。绝对不能忽视情况的变化，而对最佳功能的转移置之不顾，坚持原有已存在的功能定性，以主观否定客观，歪曲区域主导功能。但是事物总是具有两重性，虽然功能认识是处在发展变化中，但就管理和开发利用事业，总是还需要其阶段的稳定性。有鉴于此，海洋功能区划的主管部门，应不断搜集新的资料，定期组织修改。
二、本条的第1款是规范海洋功能区划的修改程序。根据我国小比例尺海洋功能区划实践。海洋功能区划修改可在两种情况下发生：首先是例行的定期修改，待将来的海洋功能区划管理制度来规定。不过，按照海岸区域自然演化规律，在酝酿中，多数专家建议海洋功能区划定期修改的时间应以5年左右为宜。这种修改应是全国统一的，不是个别的、局部海域的；其次是非定期的、非整体性的局部海域功能的修改。导致这类修改的原因可能有两种情况：一是自然过程改变了局部海域的资源与环境条件。使得该海域原有的主导功能价值不复存在，如果不及时修改主导功能方向，就会明显的不利于海域使用的管理工作。比如海岸与近海的养殖功能区，若污染源突然加大或水质污染积累效应使之下降为二类水质，短期又难以恢复为养殖水域时。在此种情况下，该污染海域在一个时期就不可能再具备养殖功能，若不予以修改，就会造成海域的闲置和浪费，做局部功能修改就成为必须的工作。再如海岸的急剧侵蚀，带来某些海岸段某些海洋功能发生变化等；二是社会需要的变更。个别海域的功能区，原产业可能是社会某领域特别需要的，但在后来的经济、社会条件发生变化，对该海洋功能区需要改便使用方向、如将海洋浅海养殖区改为海上工程建筑区、港口区改为资源恢复保护区或环境治理保护区等。这种改变，不论其内容，必须遵守下面的原则：即所要新确定的功能使用方面必须是原功能区功能排序中包含的功能内容，只是不处在功能排序中的第一位，如果确定改变的使用方向不包含在功能排序中，也即是该海域完全没有这种功能价值，这种改变是应禁止的。不管是基于自然的还是社会的原因，都会形成海洋功能区划局部的修改原因。一旦客观需要修改功能区划时，其修改工作就进入规定的程序。
三、海洋功能区划的修改，因原因不同，其修改的程序也不相同。本条第一款规定的是例行的、定期的、全面的修改程序，基本上与编制方法一样，由原编制机关会同同级有关部门提出修改方案，就全国海洋功能区划的修改，应由国家海洋行政主管部门会同农业部、交通部、国家环保总局等部门提出修改方案。沿海省、自治区和直辖市及其之下的海洋功能区划的修改，亦按此程序办理。需要强调的一个问题，其修改的依据仍是有关信息资料，只有全面掌握变化的新情况、新信息，才有可能达到修改的目的。各级海洋功能区划修改方案提出后，均应报原区划的批准机关批准。只有经批准后，海洋功能区修改的内容才能生效；在批准之前，不能按修改的方案实施。对于个别海洋功能区的主导功能修改，其程序和做法则按本条第2款执行，凡经国务院批准的涉及公共利益、国防安全或进行大型能源、交通等基础设施建设的用海项目，在所选定的海域与功能区划所确定功能方向不一致时，可以修改该海域的功能，以满足以上四类工程开发项目的用海需要。这款规定要说明的问题有两个：其一是“需要改变海洋功能区划的”，它只是扼要表述，不能偏颇地认为是无条件的功能改变。这是所指的改变是主导功能，或第一位的优势功能，而并非全部功能。因为任何功能区，都不可能只有一个主导功能，必定都有一个功能价值序列，除第一位的主导功能外，还有第二位、第三位的功能。不过区划是按主导功能划分的。所以改变主导功能，亦可从非主导功能的序列中选择要使用的方向。如果出现，在功能区的功能序列中，确实找不到国务院批准之项目的功能时，就需要对批准项目的选择海域，从生产布局、区域生产结构配置的合理性和技术经济等角度，进行进一步的分析论证。如果影响不大，即使有些影响也应同意项目的用海；如果影响很大，且持续时间很长，也应适当考虑对策，或就近另选适用海域，或采取必要措施将影响降低至最低限度。其二，为了避免“其一”这种情况的产生，仍应贯彻1993年《中国海洋功能区划报告》有关管理措施中提出的“海洋开发项目的确立与审批必须依据海洋功能确定的海域使用方向”，要求先行列入计划的海洋开发利用的基本建设项目，在其论证和决策中，都要有海域的海洋功能论证，并作为工程建设项目可行性论证的依据之一。没有海洋功能论证材料的海洋基本建设项目，有关主管部门不应审批。若按此方法办理，即可避免一些不必要问题的发生。
第十四条海洋功能区划经批准后，应当向社会公布；但是，涉及国家秘密的部分除外。
【释义】本条是关于海洋功能区划向社会公布的规定。
一、海洋功能区划包含着丰富的海洋自然资源与社会要素和沿海经济与社会发展的资料信息。在早期，海洋自然条件的调查、监测，沿海国家都是纳入密级管理的，一般不向外公开，其原因主要在于，海上的武装力量活动，都要依赖海洋环境资料的保证。正是海洋资料与军事的紧密联系，所以沿海国家都把海洋自然条件的资料信息作为密级数据管理，不予公开。我国海洋功能区划除了确定了其开发利用的功能外，还确定了海洋军事利用功能，内容包含有不能公开的秘密的信息。
二、自然与社会的事物，其存在和运动都是一定要遵循对立统一的矛盾法则。根据海洋功能区划的性质和任务，限于海洋资源的社会价值关系到国家安全，而不能无条件公开的社会性外，还有其需要予以公布的社会性。海洋功能区划之所以“应当向社会公布”，原因有四：第一，便于申请使用海域的部门、机构、单位和个人了解已有的海域使用情况，避免重复或交叉申请某一海域。如果海域使用者不了解当时海域的使用情况，就有可能发生申请已被别人全部或部分使用了的海域，造成海域使用申报者的盲目性；第二，有利于海域使用者主动、积极地与邻近和毗连海域已有开发利用产业的协调。由于海水是流动的统一体，海洋生物也有其一致性，海底沉积物也在海水运动的控制下迁移，或悬浮或沉降于海底，如此便决定了毗连海域的开发利用活动，必将产生密切的关联性。尽管彼此之间并不存在海域的复合与交叉，但其作用、影响却是不可消除的。正是这一规律性，客观上要求开发内容的协调性。例如沿海排污区，其邻近海域不能再划为养殖区、旅游区和盐田区，只能视情况划为港口区、锚地、航道等功能使用区。海域开发业主这种主动的协调配合作用，只能在了解海洋功能区划的全面情况的基础上，才能作出判断。假如海洋功能区成果不向社会公布，就难达这种目的；第三，有利于海区生产力布局的发展。海洋功能区划的公布，将有助于海洋开发利用单位对海区生产布局的超前性和兼容性的选择，有利于海洋经济的区域布局；第四，海洋功能区划的公布能够为海洋开发项目的可行性研究报告、资源评估、环境质量评价等提供必须的基础保证。不论海洋工程项目的可行性研究报告，还是资源、环境影响评价报告，其评价的内容都要依靠该海域的环境和资源资料，如果海洋功能区划不向社会公布，完成这些论证工作是困难的，其论证结论也不一定是可靠、可行的。
三、海洋功能区划既有向社会公布的必要性，也有保守国家机密的必须性。如何在实践中将其妥善处理，确有一定的难度，经反复研究，最后选定本条规定的“涉及国家秘密的部分除外。”在公布的海洋功能区划报告和图件及相关资料中，都要把“军事区”删掉，但也不能使海区中呈现出功能区的空白来，为解决这样的漏洞，拟把军事区都标为“特殊功能区”,如此标识不会发生特定指向性问题，因为特殊功能区是海洋功能五大类型之一，它包括有：科学研究试验区、倾废区、排污区、泄洪区等，军事区只是这五个子类中的一个，所以就不会因标识出特殊功能区而发生指向性问题。
第十五条养殖、盐业、交通、旅游等行业规划涉及海域使用的，应当符合海洋功能区划。
沿海土地利用总体规划、城市规划、港口规划涉及海域使用的，应当与海洋功能区划相衔接。
【释义】本条是海洋功能区划和相关规划之间关系的规定。
一、所谓规划是人们为未来经济与社会发展根据已有“资源”条件与可能达到的条件和社会需要，对未来一定时期的发展趋势、目标、任务和措施、手段等，所作的科学设想、设计和安排。海洋的养殖、盐业、交通、旅游等行业规划即属于这种范畴内的工作。因为它们都属海洋经济中的主要组成部分，又都是依赖海域及其资源存在和发展的，因此它们的发展规划必须以海洋功能区划为重要的基础，本条第1款就是依照这一客观关系规定的。
二、与养殖、盐业等行业规划不同，沿海土地利用总体规划、城市规划、港口规划等，这类规划的业务范围的主体不在海上，其规划的目标、任务投资只是涉及一部分海洋的利用，借助海洋的某些功能制定其规划的设想，所以这类规划与海洋功能区划的关系是“相衔接”的规定。不过，这类规划也并非等同一样，比如其中的海港建设规划，与土地、城市规划又有不同，凡属沿海岸港口，对海洋功能区划的依赖性就非常大。所以在执行本条第2款规定时，还是要实事求是，详细情况具体处理。
三、在执行第15条中，还有一个有关的问题，就是海洋行业的功能区划问题，这类区划虽然在有关法律未设定其法律地位，但在有的行政管理部门都作为行政工作而存在，目前见到的有“中国海洋渔业区划”、“中国海洋环境功能区划”等，处理好其与海洋功能区之间关系是必要的。在1990年国务院办公厅以“（1990)54号文”，批转国务院机构改革办公室《对国家环境保护局、国家海洋局有关海洋环境保护职责分工的意见》中明确，划分海洋功能区是海洋开发规划和海洋综合管理一项基础性工作，其内容兼及海洋资源开发利用和海洋环境保护，其范围全方面覆盖我国管辖海域。此项工作由国家海洋局会同沿海省、自治区、直辖市和有关部门进行编制。沿海省、自治区、直辖市环保部门在近海海域进行的环境功能区划工作，应纳入海洋功能区划系列，互相衔接和协调，同时要避免与经批准的有关的全国性功能区划相矛盾。海洋的其他专门区划，均应按上述精神处理。
